Kontrolerzy NIK odwiedzili 50 instytucji zaangażowanych w nadzorowanie oraz promowanie rolnictwa ekologicznego w Polsce i przyjrzeli się, jak w okresie od 1 lipca 2005 r. do 30 czerwca 2009 r. wywiązywały się one ze swoich zadań. NIK pozytywnie ocenia zadania realizowane w tym zakresie, choć wskazuje również na występowanie pewnych nieprawidłowości. Kontrola artykułów rolno-spożywczych potwierdziła wysoką jakość produktów dostarczanych przez gospodarstwa ekologiczne. Na 712 próbek jedynie 4 wzbudziły zastrzeżenia kontrolerów, co daje 0,6 proc. spośród wszystkich sprawdzonych przypadków. Warto podkreślić, że w żadnej próbce nie stwierdzono występowania organizmów modyfikowanych genetycznie.
W objętym kontrolą okresie liczba gospodarstw ekologicznych i powierzchnia prowadzonych przez nie upraw wzrosły dwukrotnie. Przyczyniły się do tego środki pomocowe UE; ponad 609 mln zł dopłat rolnośrodowiskowych oraz 42 mln zł ze środków budżetowych, Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi przeznaczyło na dofinansowanie działań kontrolnych, doradczych, promocyjnych i naukowych. Systematyczny rozwój rolnictwa ekologicznego pozwala przypuszczać, że zakładana w Planie Działania dla Żywności Ekologicznej i Rolnictwa w Polsce na lata 2007-2013 liczba 20 tys. gospodarstw, obejmujących ekologiczną uprawą 600 tys. ha, jest realna do osiągnięcia.
Kontrolerzy zwrócili uwagę na występujące opóźnienia wydawania decyzji o dopłatach do upraw ekologicznych przez powiatowe biura Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (ARiMR). Dlatego NIK zwróciła się do Prezesa ARiMR, aby usprawnił realizację płatności rolnośrodowiskowych w terenowych jednostkach agencji.
Ekologiczne gospodarstwa i przetwórnie mają problem z dokładnym przestrzeganiem zasad prowadzenia produkcji. NIK wykazała uchybienia w 40 proc. skontrolowanych gospodarstw. Są to jednak głównie nieprawidłowości formalne i sprowadzają się do nieprecyzyjnej ewidencji towarowej lub braków w dokumentacji. NIK zwróciła się do Głównego Inspektora Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych, aby zwiększył skuteczność kontroli nad gospodarstwami i przetwórniami ekologicznymi oraz upoważnionymi do ich nadzoru jednostkami certyfikującymi. Dzięki interwencji NIK przyspieszyły również prace zmierzające do udoskonalenia systemu gromadzenia i przekazywania danych dotyczących rolnictwa ekologicznego.
Najpoważniejsza nieprawidłowość opisana w raporcie NIK dotyczy nieprecyzyjnych przepisów, w których nie określono dokładnych wymagań, jakie powinny spełniać uprawy ekologiczne pod względem pielęgnacji roślin, minimalnego poziomu obsady czy jakości sadzonek. Niektóre nierzetelne gospodarstwa wykorzystywały tę sytuację i traktowały uprawy ekologiczne wyłącznie jako sposób na zdobycie dopłat, bez zamiaru wyprodukowania czegokolwiek. Wysoka stawka dopłat do uprawy orzecha włoskiego (1800 zł do 1 hektara) sprawiła, że właśnie ten gatunek szczególnie często wykorzystywany był w pozorowanych uprawach sadowniczych. Co więcej, dopłaty do orzecha włoskiego przyznawane były na 5 lat, podczas gdy gatunek ten owocuje dopiero po 6-7 latach. Pozwalało to na prowadzenie tzw. upraw nieowocujących, które można było bez konsekwencji zlikwidować wraz z końcem dofinansowania. Korzystając z tej luki w prawie, niektórzy beneficjenci, po spełnieniu minimalnych, formalnych wymagań i zainkasowaniu dopłat, nie interesowali się zbytnio swoimi uprawami. Przeprowadzone przez NIK oględziny plantacji orzecha włoskiego na terenie województwa lubuskiego potwierdziły, że uprawy nie były pielęgnowane i odchwaszczane. W efekcie tylko ok. 5 proc. sadzonek miało wykształcone korony.
NIK docenia działania Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi, który podjął szereg czynności zmierzających do ukrócenia takich praktyk. W lutym 2008 r. i 2009 r. weszły w życie dwa rozporządzenia, dzięki którym pozorowane uprawy zaczęły być wykluczane z dopłat, natomiast proporcje między orzechem włoskim (którego uprawa dzięki wysokim dopłatom stała się w Polsce niezwykle popularna) a innymi gatunkami zostały w sadownictwie ekologicznym wyrównane.